Partie II
Organisation appelée Akatsuki, dont Itachi est membre, commence à kidnapper les hôtes des neuf puissantes bêtes à queue, y compris les Neuf-Queues scellées à l'intérieur de Naruto, pour les extraire. Plusieurs ninjas de Konoha, dont l'équipe 7, se battent contre les membres d'Akatsuki et recherchent leur coéquipier Naruto Costumes Sasuke. Akatsuki réussit à capturer sept de ces créatures dont les hôtes sont tués dans le processus, à l'exception de Gaara, l'hôte de la One-Tail, dont la vie est sauvée par Naruto et ses camarades. En attendant, Sasuke trahit Orochimaru et fait face à Itachi pour se venger. Après que Itachi meurt dans la bataille, Sasuke apprend du fondateur d'Akatsuki Tobi que Itachi a été commandé par les supérieurs de Konoha pour détruire son clan pour empêcher un coup d'état. Il accepta avec la condition que Sasuke soit épargné. Saddé par cette révélation, Sasuke rejoint Akatsuki pour tuer les supérieurs de Konoha qui ont orchestré l'élimination des Uchihas et détruire Konoha pour se venger. Pendant ce temps, comme plusieurs membres d'Akatsuki sont battus par Konoha ninjas, leur chef de tête de figure, Nagato, tue Jiraiya et dévaste Konoha. Cependant, Naruto les défaites et le rachète, gagnant le respect et l'admiration du village résultant.
Avec la mort finale de Nagato, Tobi, alors Naruto Costumes déguisé en tant que pères fondateurs de Konoha Madara Uchiha, annonce qu'il veut obtenir les neuf bêtes à queue pour réaliser une illusion assez puissante pour contrôler toute l'humanité, censément dans un effort pour créer la paix dans le monde . Les dirigeants des cinq villages ninja refusent de l'aider et se joignent plutôt aux forces pour affronter Tobi et ses alliés. Il en résulte une quatrième grande guerre de ninja entre les armées unifiées des cinq grands pays (collectivement connues sous le nom de forces alliées de Shinobi) et les forces d'Akatsuki de zombie-comme des ninjas. Naruto et Killer Bee, l'hôte des Huit-Queues, se dirigent vers le champ de bataille en refusant de s'asseoir en suivant les instructions. Pendant le conflit, il est révélé que Tobi est en fait Obito Uchiha, ancien coéquipier de Kakashi qui a été pensé pour être mort. Il a été sauvé par le vrai Madara et travaille avec lui depuis. Comme Sasuke apprend l'histoire de Konoha, y compris les circonstances qui ont conduit à la chute de Naruto Costumes son clan, il décide de protéger le village et rejoint Naruto et Sakura pour arrêter les plans de Madara et Obito, qui libèrent les Ten-Tails. Cependant, le corps de Madara finit possédé par Kaguya Ōtsutsuki, une princesse antique qui a l'intention de soumettre toute l'humanité. Un Obito réformé se sacrifie pour aider l'équipe 7 à l'arrêter. Une fois Kaguya scellé, Madara meurt aussi, mais Sasuke profite de la situation et prend le contrôle de toutes les bêtes à queue pour réaliser son véritable objectif de mettre fin au système village actuel. Naruto confronte Sasuke pour le dissuader, et après qu'ils se sont presque tués dans une bataille finale, Sasuke admet la défaite et les réformes. Après la guerre, Kakashi est choisi pour devenir le sixième Hokage et pardonne Sasuke de ses crimes. Des années plus tard, Kakashi descend tandis que Naruto épouse Hinata Hyuga et devient le Septième Hokage, élever la prochaine génération.
